大阪的地標日賣電視臺突發爆炸事件！r那時，里面正在錄制“皋月杯”百人一首和歌賽記者會，而突發事件讓全場陷入恐慌！r轟然倒塌的大樓里，唯有西部名偵探服部平次和他的青梅竹馬遠山和葉被困其中，但在千鈞一發之際，柯南將兩人救出。r在這如同恐怖行動的事件中，眾人既不知道犯人所圖為何，犯人也沒有主動發表聲明，這讓柯南與平次非常不解。r混亂之中，柯南一行人遇見了自稱是“平次未婚妻”的女性。她的名字是大岡紅葉。她說自己是【在小時候就向平次求過婚的命中注定之人】。而且，她還是贏得百人一首和歌賽的高中生組冠軍，被稱作“未來的

小五郎應京都寺院的邀請，前往京都調查寺內八年前佛像盜竊事件。寺院早前得到佛像下落的線索，是一件有不同圖案的圖畫，提供給小五郎，以便盡快尋回佛像。同時間，東京、大阪和京都發生殺人事件，三個城市的警方調查后，發現事件中的死者都是盜賊團“源氏螢”的成員，毎人都有一個代名，以《義經》內的傳統人物命名。r服部亦因此事，前往京都調查殺人事件的真相。期間遇上柯南，兩人一起調查兩宗事件，發現兩宗事件都有共同點，有助解開八年前佛像盜竊事件。在調查期間亦發生殺人案，服部因此而受襲，和葉亦因查找施襲者線索而被人挾持。

薄霧籠罩的京都，一起攸關日本國家安全的大事件即將發生。一艘疑似裝載爆炸物的可疑船只靠近舞鶴灣。通過對船上相關數據和零部件的勘察判明，該船很大可能來自海外。此消息一出，立刻引起全日本上下的恐慌。就在同一天，江戶川柯南、毛利小五郎、毛利蘭以及少年偵探團的各位一同觀摩海上自衛隊組織的對空作戰演習，他們史無前例地登上了宙斯盾艦穗高號，與全國各地聚集來的孩子們一起，被裝備了電子武裝的高科技宙斯盾艦帶來的巨大魄力所震撼。誰知演習中突發意外，原本虛擬的作戰瞬間變成真槍實彈的殺戮。不久，海面上漂浮著的失去左臂的自衛隊隊員