末日世界，地球一片荒蕪。殺手雷霆叛變了自己所在邪惡的天狼舟組織，決定為正義而戰。他救下為給天狼舟老大蒼穹換心臟的少女小潔等四人逃離天狼舟。蒼穹派出力霸與鐵剎來到一座廢棄的鋼鐵城追殺雷霆，一場獵殺大戰就此展開。

劇情承接《鐵甲狂猴之亡命雷霆》，雷霆擊敗力霸與鐵剎之后，蒼穹又派出了更為致命的博士與銀狐來追殺雷霆，雷霆逐個擊破。最終雷霆重新拾起鐵甲狂猴的正義使命，與蒼穹展開了最終大戰。