有一天眾多企業(yè)在米花市政大樓，共同進行了一種新的游戲“繭”的成果發(fā)表會。玩家可透過這個游戲，進入虛擬世界中，體驗實地游玩游戲的快感。r但是在這個同時，湯瑪斯辛多拉董事長基于某些動機，殺害了工藤優(yōu)作的朋友樫村忠彬，后來被揭發(fā)罪行。r在另外一邊正式啟動的“繭”，被澤田弘樹所開發(fā)的諾亞方舟程式入侵，使整個游戲變成了一場生存游戲。眼看著未出局的人數(shù)越來越少，柯南如何挽救50個人的性命呢？......

柯南用新一的身份在電話不自愿地約會了小蘭，陪她看5月3日的午夜場電影，以便請求小蘭替他參加森谷帝二教授舉辦的茶會。柯南為此十分煩惱，不知如何掩飾他變小的事實。r柯南目送小蘭離開后，為此煩惱的柯南接到一個電話，是來歷不明的炸彈客挑戰(zhàn)柯南！少年偵探團收到的引爆遙控飛機、被安裝了炸彈的裝小貓的籃子，還有環(huán)狀線的的炸彈陷阱，大家奮力推理，才及時預(yù)防了可能發(fā)生的意外。可是，最后發(fā)現(xiàn)被安裝了炸彈的其實是工藤新一和小蘭的約會地點－米花町大樓！柯南該怎么辦呢？.......

小五郎應(yīng)京都寺院的邀請，前往京都調(diào)查寺內(nèi)八年前佛像盜竊事件。寺院早前得到佛像下落的線索，是一件有不同圖案的圖畫，提供給小五郎，以便盡快尋回佛像。同時間，東京、大阪和京都發(fā)生殺人事件，三個城市的警方調(diào)查后，發(fā)現(xiàn)事件中的死者都是盜賊團“源氏螢”的成員，毎人都有一個代名，以《義經(jīng)》內(nèi)的傳統(tǒng)人物命名。r服部亦因此事，前往京都調(diào)查殺人事件的真相。期間遇上柯南，兩人一起調(diào)查兩宗事件，發(fā)現(xiàn)兩宗事件都有共同點，有助解開八年前佛像盜竊事件。在調(diào)查期間亦發(fā)生殺人案，服部因此而受襲，和葉亦因查找施襲者線索而被人挾持。

　　在神秘委托者的招待下，小五郎與柯南一行人來到了橫濱。一行人受邀來到一座巨大城堡，沒想到卻掉入黑影的神秘男子所設(shè)下的陷阱。小蘭、灰原與少年偵探團，也因此落入敵人手中成為人質(zhì)。時間限制為12個小時，如果不在時間內(nèi)解開男子所出的謎題，小蘭他們身上的炸彈就會爆炸。 r　　“你能了解失去心愛的人，是什么樣的心情嗎？工藤” r　　這名男子居然知道柯南其實就是工藤新一？！這名男子的真正身份，難道是…… r　　就在同時，“關(guān)西的高中生偵探”服部平次的兒時玩伴和葉也被抓走（因為手上有炸彈而受到威脅，并非抓走）成為了人質(zhì)