薄霧籠罩的京都，一起攸關(guān)日本國(guó)家安全的大事件即將發(fā)生。一艘疑似裝載爆炸物的可疑船只靠近舞鶴灣。通過(guò)對(duì)船上相關(guān)數(shù)據(jù)和零部件的勘察判明，該船很大可能來(lái)自海外。此消息一出，立刻引起全日本上下的恐慌。就在同一天，江戶川柯南、毛利小五郎、毛利蘭以及少年偵探團(tuán)的各位一同觀摩海上自衛(wèi)隊(duì)組織的對(duì)空作戰(zhàn)演習(xí)，他們史無(wú)前例地登上了宙斯盾艦穗高號(hào)，與全國(guó)各地聚集來(lái)的孩子們一起，被裝備了電子武裝的高科技宙斯盾艦帶來(lái)的巨大魄力所震撼。誰(shuí)知演習(xí)中突發(fā)意外，原本虛擬的作戰(zhàn)瞬間變成真槍實(shí)彈的殺戮。不久，海面上漂浮著的失去左臂的自衛(wèi)隊(duì)隊(duì)員