《2001太空漫游》后9年，前國家航天委員會主任弗洛伊德博士接受蘇美合作計劃，帶領發現號航天站設計者科腦博士和HAL9000電腦的創始人錢德拉博士登陸木星附近的蘇聯航空站，與蘇聯宇航員卡布珂等合作，空中接軌美國發現號航天站，調查九年前的事故原因，探索木衛二的神秘黑石，并查明宇航員大衛?伯曼緣何神秘失蹤。然而任務執行尚未過半，美蘇關系愈發緊張，戰爭一觸即發；與此同時，大衛?伯曼竟突然現身對弗洛伊德博士發出神秘警告。