博物館導游泰德（威爾·法瑞爾 配音）熱愛自己的工作，其博學熱忱的講解博得了帶學生來此參觀的漂亮女教師麥琪（德魯·巴里摩爾 配音）。老館長卻宣布了一個不幸的消息：由于參觀的人數太少，博物館面臨著關張的窘境，唯一的拯救辦法就是推出一項其他博物館前所未見的新奇展品。老館長出示給泰德一本帶有地圖的神秘日記，表明非洲扎格瓦部落迷失的一處圣陵所在，只要從中帶回一尊大型神像，博物館就有救了。泰德乘著輪船向非洲出發，到了叢林后找到了地圖所示的古老神像，但完全不像老館長描述的那樣宏偉。而此刻一只頑皮的小猴對泰德發生了興趣，

在澳洲大堡礁溫暖的海水里，小丑魚瑪林和兒子尼莫生活在安逸而隱蔽的海底，一天，一直向往到海洋中冒險的尼莫，游出了他們所居住的珊瑚礁。卻被漁夫撈走并賣到了悉尼當了人類的玩物。 為了救回心愛的孩子，本來膽小怕事的瑪林決心跟上澳洲洋流，踏上尋找自己兒子的漫漫征程。一路上瑪林遇到了很多形形色色的朋友，也遭遇了各式各樣的危機。最終救回了自己的兒子。

　　博物館導游泰德熱愛自己的工作，其博學熱忱的講解博得了帶學生來此參觀的漂亮女教師麥琪。老館長卻宣布了一個不幸的消息：由于參觀的人數太少，博物館面臨著關張的窘境，唯一的拯救辦法就是推出一項其他博物館前所未見的新奇展品。老館長出示給泰德一本帶有地圖的神秘日記，表明非洲扎格瓦部落迷失的一處圣陵所在，只要從中帶回一尊大型神像，博物館就有救了。泰德乘著輪船向非洲出發，到了叢林后找到了地圖所示的古老神像，但完全不像老館長描述的那樣宏偉。而此刻一只頑皮的小猴對泰德發生了興趣，一直尾隨著他。在泰德動身離開非洲時，小猴子

在澳洲大堡礁的深海中，小丑魚爸爸瑪林和兒子尼莫簡單幸福的生活著，可是爸爸做事常常畏首畏尾，是個膽小鬼，尼莫覺得爸爸很不勇敢，甚至有點看不起自己的爸爸。小尼莫卻天不怕地不怕，跟同伴們去水面玩耍的時候，竟然被漁網撈了起來，輾轉被賣到一家牙醫診所。瑪林對兒子的生死未卜感到十分的擔憂，就算平時不能大膽行事，為了兒子也要勇敢豁出去了。可是在路上遇到了很多艱難與恐懼，令他十分膽怯。幸好他遇到了好心的多瑞，一路與他作伴。父子倆都遇到了很多熱心的幫助，最終都能重逢，瑪林也從此成為兒子以及大家心中的英雄。