第四次非核大戰(zhàn)一年后的2027 年，在還留有戰(zhàn)爭(zhēng)痕跡的新濱市，發(fā)生一起疑似收賄的軍人遭到槍殺的案件。雨幕中，公安?荒卷大輔為了找尋軍人的電子腦而潛入墓地，卻遭到想證明上司清白的草薙素子持槍抵住身后。但是，追查這起案件的并非只有草薙一人，擁有「不眠之眼」的巴特懷疑她就是爆破殺傷事件的犯人，因而緊咬著不放；以及正持續(xù)追查槍擊案與娼妓命案間共通點(diǎn)的新濱縣的刑警?德古沙。此外，「501 機(jī)關(guān)」的徠津中佐也正注視著草薙的行動(dòng)。為了尋找自身的未來(lái)與理想，草薙的本能將自此覺醒（ARISE）……。