世界受“魔甲蟲”威脅，大地遭其占據，人類只能住在天空中的浮游都市里。之后，以魔力對抗“魔甲蟲”的魔法師——空戰魔導士誕生了。就讀空戰魔導士培育機構——學園浮游都市“密斯特崗”的彼方·英司，是擁有“黑之劍圣”稱號的S128特務小隊的王牌。然而，如今他卻被視為“特務小隊的叛徒”而受到眾人的輕蔑與厭惡……某天，彼方被任命為連戰皆敗的E601小隊教官。這支小隊收容了三名個性特異的少女——？由叛徒與問題學生少女們展開的進擊，現在啟動！