擁有用肉眼看見“菌”能力的少年澤木直保和青梅竹馬結(jié)城螢進入農(nóng)業(yè)大學(xué)所發(fā)生一連串的趣事，透過直保和其他人物的互動可以了解許多跟菌相關(guān)的知識，也因為直保的特殊能力而招惹許多事情……在每集動畫中的片尾都有“菌劇場”。