對于你那4年執政中桀驁不馴的態度，上天將給予懲罰!’ 突如其來的，在朝倉都知事那知道神秘的恐嚇信函...。隔天，由都知事主導開通的新地下鐵隧道遭到炸毀!雖然多虧柯南知道恐嚇信而使得這次爆破事件沒有人員傷亡，但是，奪取都知事性命失敗的犯人勢必將再次犯案，并帶來更大的災害，調查朝倉都知事歷年事政的柯南，察覺到極有可能是在國土交通大臣時代所推動的水壩建設案中，懷有恨意的犯人就在那相關關系人等之中，因此決定進行深度搜查。

日本著名造船公司八代商船設計制造了旗下第一艘豪華郵輪愛芙羅黛諦號，為慶祝該郵輪的處女航，八代商船邀請各界名流參加，上到首相下到富豪悉數前來。鈴木園子的父母也接到邀請，因行程安排鈴木夫婦無法出席，園子于是邀請、毛利小五郎、小蘭、柯南等一眾好友同行。藍天白云，美酒佳肴，眾人無不陶醉于這美好的假期之中。但是，這注定是一次不尋常的航行。先是園子突然遭人綁架，接著八代商船的女社長貴江被人殺害，與此同時董事長八代延太郎也從船上神秘失蹤。此前不久，貴江的丈夫八代英人駕車時突發心臟病沖下山崖。這一連串死亡、失蹤案件似乎都

6件大范圍的連續殺人事件發生在東京周邊的數個地區。警方除了目暮警部之外，還派了各縣的警員增援，小五郎也參加了搜查會議。此時柯南卻因為一個偶然的契機，發現一個警察從會議中離席，并乘上了一輛跑車離去。 “那輛車……居然，是琴酒！！” “黑衣人組織”中的一員居然潛入了搜查會議，琴酒肯定是想乘坐跑車逃走。連續殺人事件莫非是“黑衣人組織”做下的罪惡勾當？事態一觸即發！！如果讓琴酒知道工藤新一仍然活在這個世上，那么不止新一本人，只要和他扯上關系的朋友們都會被從這個世上抹殺掉。所以在明知危機四伏的情況下，柯南仍然開始單

堂本一輝是著名的鋼琴演奏家，兩年前突然宣布不再演奏鋼琴轉而攻向管風琴，更斥資建造了堂本音樂廳，準備在落成之日舉行演奏會。然而在演奏會之前，堂本音樂學院的學生相繼死去，先是爆炸案，后是單個被殺。園子帶著柯南一行人來聽排練，認識了女高音歌唱家秋庭憐子，擁有絕對音感的秋庭也開始遭遇到危險：潤生茶被下藥、作森林浴時遭遇空氣槍襲擊、試演會當天更遭擊暈。然而就是從這些事件中，柯南找到了推理的邏輯：兇手試圖把秋庭排除在兇殺外。這邊已經正式開演的演奏會渾然不知音樂大廳外已是爆炸連天，小蘭、灰原哀以及演奏廳內的一千多人頓時

工藤新一，米花高中二年級學生，與小蘭是青梅竹馬，兩人感情很好。繼承了父親的超強推理能力，被譽為高中生名偵探。他喜歡看推理小說，最崇拜福爾摩斯，另外踢足球的水平也是一流。不幸被卷入黑衣組織的交易被灌下毒藥APTX4869，但是沒有死，只是變成了小孩，改名江戶川柯南（取自兩個偵探小說里的人名）。幸虧智力沒有衰退，還可以幫著毛利小五郎辦案以尋找黑衣組織的線索，而體力上的不足靠阿栗博士的發明來彌補。變小后就讀于米花小學1年紀B班，認識了步美、元太、光彥三人，還成立了少年偵探團。不管是變小前后，都是音癡，唱歌走音非

工藤新一，米花高中二年級學生，與小蘭是青梅竹馬，兩人感情很好。繼承了父親的超強推理能力，被譽為高中生名偵探。他喜歡看推理小說，最崇拜福爾摩斯，另外踢足球的水平也是一流。不幸被卷入黑衣組織的交易被灌下毒藥APTX4869，但是沒有死，只是變成了小孩，改名江戶川柯南（取自兩個偵探小說里的人名）。幸虧智力沒有衰退，還可以幫著毛利小五郎辦案以尋找黑衣組織的線索，而體力上的不足靠阿栗博士的發明來彌補。變小后就讀于米花小學1年紀B班，認識了步美、元太、光彥三人，還成立了少年偵探團。不管是變小前后，都是音癡，唱歌走音非

對于你那4年執政中桀驁不馴的態度，上天將給予懲罰!’ 突如其來的，在朝倉都知事那知道神秘的恐嚇信函...。隔天，由都知事主導開通的新地下鐵隧道遭到炸毀!雖然多虧柯南知道恐嚇信而使得這次爆破事件沒有人員傷亡，但是，奪取都知事性命失敗的犯人勢必將再次犯案，并帶來更大的災害，調查朝倉都知事歷年事政的柯南，察覺到極有可能是在國土交通大臣時代所推動的水壩建設案中，懷有恨意的犯人就在那相關關系人等之中，因此決定進行深度搜查。

本次的全新作品是紀念TV版動畫播放20周年特別篇。劇中，聽從黑衣組織命令研發出Apoptoxin4869的灰原哀等人將重新登場，而尚未和柯南相遇的少年偵探團、阿笠博士以及柯南尚未寄居到小蘭家時的毛利小五郎也將會悉數亮相。

真實身份謎團重重、每個人都有著復雜背景的危險一家——赤井家族。在來葉崖假死的FBI探員赤井秀一，《名偵探柯南：緋色的不在證明》以他為中心展開，揭開了赤井秀一、世良真純、羽田秀吉、瑪麗等人的個性，以及他們幾人之間的關系。故事的高潮則在講述赤井秀一華麗復活的“緋色”系列。在某個事件中，赤井秀一的宿敵、代號為波本的安室透從FBI那打聽到了“線索”之后，安室透便深入調查赤井秀一與沖矢昴的關系。在經過了一系列的高智商攻防戰后，赤井秀一的回歸給所有人帶來了沖擊。而在這一連串的“不在場證明劇”的真相背后，都有著柯南的身

毛利偵探事務所突然接到一通威脅電話。之后，路上的汽車就在小五郎的眼前爆炸了！“藍色的少年與藍色的斑馬，從天而降的雨……”根據犯人寄來的挑戰書，若不能解讀謎之暗號，便無法阻止接下來的爆炸。小五郎和毛利蘭在米花市內來回奔走，卻完全找不到破解暗號的方法。另一方面，此時的江戶川柯南與灰原和少年偵探團一起，沉浸在觀看最愛的足球比賽的快樂之中。正當比賽漸入佳境之時，從蘭打來的電話那里，柯南得知了威脅電話的事情。柯南為了解讀暗號獨自一人離開賽場，卻得知了無人能夠阻止的恐怖事實。