黃飛鴻是嶺南武術界的一代宗師，也是一位濟世為懷、救死扶傷的名醫，他的一生充滿了傳奇。早年他在臺灣浴血奮戰，與劉永福領導的黑旗軍和臺灣當地的賽德克族勇士共同抗擊侵略的日軍，成為了保家衛國的蓋世英雄。回到廣州，開設“寶芝林”，卻走上一條行醫不授武的修心之路。然而，永無止息的江湖爭斗還是將他逼到了不得不出手的生死絕境，卻也讓他登頂武者之王。他被冠上了俠者光環，受人敬仰；可是刺殺貪官的黑暗英雄“鐵馬騮”竟在此時重現江湖。代表光明和黑暗的兩位英雄之間必有一戰。然而，在這場英雄理念之爭的背后竟還隱藏著一連串的驚天陰謀

該劇講述了石中玉與兄弟二人齊心協力揭開了俠客島之謎，守護各自愛情的故事。

明朝嘉靖年間，嘉靖帝昏庸無能，朝廷被嚴黨把持，內部朝政腐敗，沿海倭寇橫行，整個朝野被牢牢掌控在嚴黨黨魁——奸相嚴嵩之子嚴世蕃的手中，明朝危在旦夕。少林寺觀海方丈隱居達摩洞后，少林僧眾既心憂國難，又對前程一片迷茫。少林新收的俗家弟子程聞道、高劍雄、海大力與嚴氏父子有滅門之仇，因天分極高，被分別安排到達摩堂，藥局和般若堂苦修武功、醫道和禪學。為了達到控制少林為己所用的目的，嚴世藩借平倭之名調走了少林武僧團，又勾結少林叛徒瘋頭陀霸占少林，把一方禪林凈土變成了人間煉獄。練功有成的程聞道等人在觀海大師的暗中幫助下，

故事發生在民國十五年，朱可發在機緣巧合之下得到了一張名為“龍頭仗”的藏寶圖。哪知道這張藏寶圖給他的家族帶來了滅頂之災，在軍閥郭天行的迫害之下，朱家慘遭滅門，朱可發命喪九泉，他的養子朱飄逸亦同妻子柳迎春就此失散。帶著龍頭仗，朱飄逸輾轉來到了陳家溝，與此同時，朱可發的親生兒子馬寧兒同郭天行以及日本黑幫沆瀣一氣，企圖通過種種卑鄙下作的手段從朱飄逸手上奪走龍頭仗。在陳家溝，朱飄逸結識了太極掌門陳清泉和他的兒子陳如風，就此接觸到了太極這門八大精神的功夫。

郭夫人和楊夫人同時懷有身孕，受郭、楊二人委托，丘處機給兩個未出世的孩子分別取名為郭靖、楊康，寓意兩個孩子將來長大能不忘靖康之恥，并分別贈送他們一把刻有孩子名字的短劍，作為見證，今后兩家孩子若都為女，便結為姐妹，若都為男，則結為兄弟，若一男一女，就結為夫妻。郭夫人李萍和楊夫人包惜弱聽完甚是欣喜，分別交換了短劍作為信物。臨安武官段天德忽然帶領眾兵以反賊的名義來抓捕郭嘯天和楊鐵心夫婦。郭楊蒙冤，拒捕反抗，郭嘯天為給鐵心夫妻和李萍爭取逃脫的時間，被官兵亂刀殺死。幾名兵丁追蹤抓住了惜弱和李萍。楊鐵心救下惜弱，又想追